Sở Nông nghiệp & PTNT là cơ quan chuyên môn thuộc UBND tỉnh, tham mưu, giúp UBND tỉnh thực hiện chức năng quản lý nhà nước trên địa bàn tỉnh về: Nông nghiệp, lâm nghiệp, thuỷ sản, thuỷ lợi và phát triển nông thôn; phòng chống lụt bão, an toàn nông sản, lâm sản, thuỷ sản; thực hiện các dịch vụ công thuộc ngành Nông nghiệp và phát triển nông thôn và một số nhiệm vụ, quyền hạn theo sự uỷ quyền của UBND tỉnh và theo qui định của pháp luật.
Sở Nông nghiệp và PTNT có tư cách pháp nhân, có con dấu riêng và có tài khoản giao dịch tại Kho bạc nhà nước tỉnh Hà Giang. Chịu sự chỉ đạo, quản lý về tổ chức, biên chế và công tác của UBND tỉnh, đồng thời chịu sự chỉ đạo, kiểm tra về chuyên môn nghiệp vụ của Bộ Nông nghiệp và PTNT.